กาแฟเป็นปัจจัยหนึ่งที่มีความสัมพันธ์กับภาวะกระดูกพรุน ซึ่งมีผลขัดขวางการดูดซึมแคลเซียมเข้าสู่ร่างกายและเพิ่มการขับแคลเซียมออกทางปัสสาวะ ส่งผลต่อแคลเซียมในกระดูก แต่แต่ไม่ได้มีผลกระทบที่รุนแรงจนสามารถสรุปได้ชัดเจนว่า การได้รับกาเฟอีนจากการดื่มกาแฟเป็นสาเหตุทำให้เกิดภาวะกระดูกพรุน ทั้งนี้ การบริโภคกาแฟเป็นเรื่องที่ควรตระหนัก เนื่องจากงานวิจัยพบว่าเป็นปัจจัยที่ทำให้สูญเสียมวลกระดูกได้ แนะนำ ให้ดื่มกาแฟในปริมาณที่เหมาะสม ไม่เกินวันละ 300 – 400 มิลลิกรัม หรือไม่เกินวันละ 3 แก้ว/วัน และควบคุมปริมาณน้ำตาลและครีมในกาแฟเพราะอาจทำให้เพิ่มความเสี่ยงของการเกิดโรคความดัน เบาหวาน และโรคหลอดเลือดหัวใจ